迷宫风格游戏玩法，探索精灵世界
口袋妖怪命运红宝石系列第二部作品
阴差阳错变成精灵，找到逃离的方法
崭新的口袋妖怪世纪等你来探索
原创剧情、原创精灵，全新冒险体验
基于口袋妖怪宝石版本改编的全新游戏
由于阴影的出现，影响到了人类世界，因此把正在庆祝生日的玩家和他的伙伴卷进了精灵世界，阴差阳错成为了精灵。在精灵世界，玩家变成了一只皮卡丘，他遇到了火雉鸡和菊草叶，火雉鸡和菊草叶邀请玩家加入他们的救援队。
在救援队的任务当中，玩家又陆续找到了他的伙伴罗斯（伊布\太阳伊布）和斯蒂文（迷你龙）。在某次任务中，玩家原本是人类的事实被耿鬼得知并泄漏出去，可是精灵世界的朋友都不在乎。不久后，精灵猎人进村扫荡，将玩家他们捉走。玩家从飞船中跳落逃脱，给凤王救了。凤凰把他们带到了城都地区，在那里他找到了另一个伙伴茂克（傲骨燕）。后来，凤王将他们送到了城都地区的边缘，玩家一行人走回了合瓦地区的精灵村子。
可是由于发生了精灵猎人事件，精灵们都要捉拿玩家，好不容易才让大家释疑。
这时候，玩家一行人去了精灵救援队的总部接受培训，在途中听到有关阴影的消息。在某次寻找阴影的任务中，玩家在阴影峡谷找到了以骑拉帝纳为寄生体的阴影，并把它打败了。一个星期后，玩家的最后一个伙伴金泽（穿山王）来到阴影峡谷，被复原了的阴影袭击。虽然成功击败了它，但金泽也被它寄生了。
阴影继续在合瓦地区肆虐，而玩家为了救回他的伙伴来到了命运塔，打败了被附体的金泽并把他救回来。
在命运之塔塔顶，混沌巨龙告诉他金泽本应死去，然后三年后亨托地区的一个训练师会打败阴影并拯救金泽的灵魂。但是由于玩家改变来本应该发生的事实，时间轴发生了分裂，形成了两个元、两个世界。
玩家通过混沌巨龙连接世界，和他的伙伴回到了人类的世界生活；而在合瓦地区，流传着一个皮卡丘、火雉鸡、菊草叶拯救了合瓦的传说……
超多的游戏宠物，众多新奇的内容。
动听的游戏音乐，精美的游戏画面。
迷宫风格的宝可梦游戏，靠剧情推动。
